La historia toma lugar un año después del derrocamiento del emperador Andross visto enStar FoxAdventures, empieza cuando Andrew Oikonny, sobrino de Andross decide reconquistar el imperio de su tío reuniendo tropas para iniciar una rebelión; ante la amenaza de Oikonny, el General Pepper, jefe al mando de las defensas del Sistema Lylat, toma cartas en el asunto y decide llamar al equipo Star Foxpara terminar con la amenaza.

Textos de pantalla en castellano.